С момента основания Санкт-Петербурга в 1703 году водные пути в Финском заливе стали стратегически важными для России. Присутствие и блокада шведами Балтики потребовала от царя решительных действий по защите новых рубежей. Пётр I начал строительство фортов в 1704 году - первый из них был форт Кроншлот на острове Котлин. В течение следующих двух веков продолжалось масштабное развитие фортификационных сооружений.

Форт Александра Первого является одним из самых поздних сооружений системы обороны, его начали строить спустя более ста лет после основания Кронштадта и возведения первого форта в Финском заливе. Первый проект форта разработал Лев Карбонье в 1820 году, когда началось обсуждение усиления обороны южного фарватера. Но его проект так и не был реализован. После его смерти в 1836 году, был образован специальный комитет под началом генерал-лейтенанта Жана Дестрема, который пересмотрел планы по строительству новой крепости. В 1838 году новый проект был утвержден императором Николаем I и только после началось строительство.

Чтобы укрепить землю, в основание форта было забито 5335 свай длиной 12 метров, а пространство между ними было заполнено бетоном на основе гидравлической извести. Затем началась кладка гранитных блоков по бетону. Через четыре года, летом 1842 года, началась кладка стен из специально отобранного кирпича. После чего форт был облицован гранитом по всему периметру. 27 июля 1845 года состоялась торжественная передача форта под  военное управление. Форт получил название в честь императора Александра I - брата Николая I.

Планировка форта и его обустройство было типичным для того времени, с укрепленными стенами и казематами. Многие найдут сходство нашего форта с известным по телешоу фортом Боярд, который находится у Западного побережья Франции. Стоит отметить, что форт «Александра I» был построен раньше.

Форт «Александра I» это овальное здание размером 90 на 60 метров, имеет три этажа, в центре которого располагается двор. Со стороны Кронштадта была построена небольшая пристань и служебное здание для работников и военного персонала. Как и все оборонительные сооружения того времени, форт был красиво оформлен: во внутреннем дворе была полубашня с винтовыми чугунными лестницами, а ворота были украшены головами львов, якорями и флагами. Здесь же находились помещения для ядрокалильных печей. Общая площадь форта составляет более 5000 квадратных метров, что достаточно для размещения гарнизона в 1000 человек. Форт был вооружен 103 орудиями, включая новейшие трехпудовые бомбические пушки, которые были самыми мощными крепостными орудиями того времени.

Цель создания форта была обеспечить контроль над южным фарватером с помощью перекрестного огня, совместно с фортами «Пётр I», «Рисбанк» и «Кроншлот». Хотя форт никогда не участвовал в боевых действиях, он сыграл важную роль в Крымской войне, защищая военно-морскую базу в Кронштадте от попыток Великобритании и Франции продвинуться к столице России. В 1854 году несколько британских пароходов были повреждены в результате подрыва на морских минах, разработанных Якоби.

За всю свою историю форт трижды находился в полной боевой готовности: летом 1855 года, когда англо-французский флот пытался провести рейды тральщиков с помощью малых кораблей; в 1863 году, во время конфронтации с Британской империей; и во время русско-турецкой войны 1877-1878 годов.

В 1896 году форт «Александр I» был исключен из состава оборонительных сооружений. Чуть позже форт приобрел свою мистическую известность и получил свое второе наименование - Чумный форт. В конце 19 века в мире разразилась третья пандемия чумы, многие страны стали проводить исследования для создания вакцины. При активном участии принца Александра Ольденбургского под руководством Сергея Лукьянова форт был преобразован под первую в России противочумную лабораторию.

На территории форта было развернуто производство вакцин и иммунной сыворотки с использованием лошадей в качестве материала. Форт оснастили паровым отоплением в конюшнях, лифтом для подъёма животных и печью для кремации. 27 июля 1899 года состоялось торжественное открытие и благословение станции, где на постоянной основе поселилось несколько врачей. Учёным-отшельникам для связи с внешним миром был предоставлен маленький пароход под ироничным названием «Микроб».

Работы лаборатории были прекращены с началом Первой мировой войны, многие врачи ушли в армию. После революции лаборатория лишилась своего попечителя принца Ольденбургского и полностью прекратила деятельность. В 1917 году материалы лаборатории: культуры возбудителей чумы и холеры были вывезены в Саратов. Через год, осенью 1918 года в Саратове был основан первый в стране противочумный институт под названием «Микроб».

В начале 2021 года начались работы по реставрации и реконструкции форта в рамках проекта «Остров Фортов».