По сравнению с другими храмами Ленинградской области или России, храм не так стар и не имеет серьезной  исторической ценности. Отличительной чертой Покровского собора является, то что он самый большой храм в Ленинградской области освященный в честь Богородицы. Покровский собор несет в себе и удивительную историю создания, он поистине народный собор, который построили обыкновенные прихожане.

Все началось в 1896 году, когда купец Козьма Карпов предоставил деревянный двухэтажный дом на углу Госпитальной и Мариинской улиц для подворья Пятогорского Богородицкого женского монастыря. На этом месте священник Василий Левитский закладывает церковь. Деревянную церковь возвели удивительно быстро, через две недели 6 августа епископ Назарий освятил главный престол во имя Покрова Пресвятой Богородицы, а на следующий день - боковой придел во имя святого Александра Невского.

Строительные работы каменного храма начались летом 1905 года, многие жители города помогали своими средствами и материалами. Торжественную закладку церкви осуществил благочинный архимандрит Макарий 3 июня 1907 года, после того как был возведен цокольный этаж нового храма. Огромную помощь при постройке оказали сёстры Пятогорского Богородицкого монастыря, которые выполнили многочисленные отделочные работы, включая золочение церковных крестов, дубовых иконостасов и прочих церковных предметов.

Главный придел храма, посвященный Покрову Пресвятой Богородицы, был торжественно освящен епископом Нарвским 8 октября 1914 года. Южный придел, посвященный святому Александру Невскому, был освящен благочинным архимандритом Макарием 9 октября 1914 года. А северный придел, посвященный Николаю Чудотворцу, был освящен тем же архимандритом 7 декабря 1914 года. В 1915 году временная церковь была разобрана после освящения каменной подворской церкви.

Из-за Первой мировой войны и последовавшей за ней революции 1917 года, отделка храма так и не была осуществлена. По архивным документам, в 1918 году, уже при большевиках в подвале подворской церкви освятили небольшой придел во имя святого Иоанна Крестителя и мученицы Лидии. Священник Севастьян Воскресенский (1874—1938) был настоятелем церкви с 1911 года до своего ареста в 1938 году.

Только в 1990 году православной общине удалось вернуть собор, а уже через год там состоялось первое богослужение. В 1996 году был устроен нижний храм, в подвале собора, который был назван в честь святого Иоанна Кронштадтского.