Расположенный в северо-западной части Петропавловской крепости, Ботный дом являет собой уникальный архитектурный памятник, неразрывно связанный с эпохой становления Российского государства и флота. Возникновение этого павильона неразрывно связано с судьбой легендарного ботика Петра I, который благодаря своему прозвищу «дедушка русского флота» стал одним из ключевых символов петровской эпохи.

История создания Ботного дома восходит к 1761 году, когда Правительствующий Сенат принял решение о строительстве специального павильона для хранения ботика Петра I. До этого момента судно, перевезенное из Москвы в Санкт-Петербург в 1723 году, располагалось в одном из казематов Государева бастиона Петропавловской крепости. Теперь же было решено обеспечить ему более достойное пристанище. Проектирование нового павильона было поручено ученику архитектора Михаила Земцова, талантливому зодчему Александру Висту.

Архитектор представил на рассмотрение Сената два варианта будущего здания: классический и более экспрессивный, в формах изящного петровского барокко. Второй вариант, сочетавший в себе строгие линии классицизма и декоративные элементы барочного стиля, был в итоге одобрен и утвержден 10 (21) августа 1761 года. Строительство началось в 1762 году и продолжалось в течение пяти лет, при этом смета была превышена почти в два раза, достигнув 6082 рублей 97 с половиной копеек.

Возводимый павильон по замыслу должен был стать лаконичным и вместе с тем торжественным сооружением, достойно увековечивающим память о «дедушке русского флота». Выбранное для него место рядом с колокольней Петропавловского собора, в непосредственной близости от императорской резиденции, подчеркивало значимость этого памятника. Строгие классические формы центрального входа, акцентированного стремящимися ввысь колоннами, сочетались с декоративными элементами барокко - рамочными наличниками окон, богатой пластикой кровли с ее высоким переломом в голландском стиле, тосканскими пилястрами.

На кровле павильона была размещена деревянная статуя Нептуна, которая впоследствии была заменена на алебастровый вариант работы скульптора Николая Токарева, а в 1891 году - на терракотовую статую Навигации, созданную скульптором Давидом Йенсеном. Во внутренней части центральный зал павильона решен в строгих классических формах, с ярко выраженной симметрией и двенадцатью ионическими пилястрами, украшающими стены.

Торжественное перемещение ботика в новый павильон состоялось в июле 1767 года по личному распоряжению императрицы Екатерины II. Однако, как отмечают исторические источники, архитектор Вист при проектировании допустил ошибку в расчетах размеров дверных проемов, из-за чего пришлось разбирать стены, чтобы занести ботик внутрь. Эта небольшая, но досадная промашка, тем не менее, не омрачила величия торжественной церемонии.

В последующие годы ботик не только хранился в Ботном доме, но и участвовал в ряде важных официальных мероприятий. Так, в 1744 и 1745 годах он использовался при праздновании годовщин Ништадтского мирного договора, завершившего Северную войну, в 1803 году - на торжествах по случаю 100-летия Санкт-Петербурга, в 1836 году - на морском параде в Кронштадте. В 1872 году, в честь 200-летнего юбилея Петра Великого, ботик даже был перевезен в Москву для демонстрации на Политехнической выставке.

В 1920-е годы Ботный дом находился в ведении Музея Революции, а с начала 1930-х использовался как книжный склад Государственного книжного фонда. Сам же ботик в 1931 году был передан в Центральный военно-морской музей, где он экспонируется и по сей день. Павильон же в годы блокады Ленинграда пострадал от попадания зажигательной бомбы, но был впоследствии восстановлен.

В 1954 году здание Ботного дома перешло под управление Музея истории Ленинграда (ныне Государственный музей истории Санкт-Петербурга). В 1958 году фасады были перекрашены в яркий желтый цвет. А к 300-летию Российского флота в 1996-1997 годах по проекту архитектора Светланы Наливкиной был проведен капитальный ремонт и реставрация всего комплекса. В те же годы на судостроительном предприятии «Петрозавод» была изготовлена точная копия легендарного ботика, которая и ныне экспонируется внутри восстановленного павильона.