Свою историю аптека берет с середины XVIII века, когда в доме на 7-й линии Васильевского острова была открыта первая петербургская аптекарская лавка. Она неоднократно меняла владельцев, пока в 1850 году аптеку не приобрел выпускник Дерптского университета Вильгельм Христофор Эренфрид Пель, он же Василий Васильевич. Пель обновил и модернизировал заведение, добавив к нему медицинскую лабораторию.

Наивысшего развития аптека Пелей достигла при управлении Александром Васильевичем Пелем, который возглавил семейное дело в 1875 году. Александр Пель был магистром фармации, талантливым ученым и изобретателем. Он существенно расширил отцовскую лабораторию, модернизировал производство лекарств, применяя передовые на тот момент методы, в том числе и асептический. В числе его изобретений - аптечная ампула и способы дозирования и хранения инъекционных растворов. Пель провел обширные исследования в области гигиены, судебной и физиологической химии, фармакогнозии, опубликовав более 200 работ на разных языках.

Здесь трудились порядка 70 человек, а вместе с другими производствами Пелей - свыше 200 сотрудников. Аптека Пелей получила статус поставщика двора Его Императорского Величества и славилась своими инновационными лекарственными препаратами, такими как знаменитый «Спермин Пеля».

Современный облик аптечному комплексу был придан в 1907-1910 годах, когда к существующему двухэтажному зданию были пристроены новые корпуса. Над проектом работали гражданский инженер Константин Ниман и архитектор Зиновий Леви. Они надстроили угловой дом, создав третий, четвертый, пятый и мансардный этажи, объединив в единый архитектурный ансамбль первоначальные корпуса. Фасад в стиле модерн украсили два эркера с шлемовидными куполами и короткими шпилями по бокам. Центр композиции занял вытянутый купол углового эркера. Здание органично вписалось в силуэт застройки Васильевского острова, перекликаясь с соседними доминантами - колокольней Андреевского собора, училищным домом и Благовещенской церковью.

Особую художественную ценность зданию придают мозаичные украшения фасадов, выполненные в мастерской Виктора Фролова. Центральную часть венчает мозаичная надпись «Ora et labora» - девиз петербургского химика и фармацевта Александра Пеля. По углам расположены гербы с изображением льва, грифона и единорога. Эти мифические существа стали источником многочисленных городских легенд.

Местные жители были уверены, что Пели занимались алхимией и могли вызывать к жизни сказочных грифонов - существ с телом льва и головой орла. Якобы эти грифоны жили в высокой трубе во дворе аптеки, а по ночам летали над Васильевским островом, нарушая покой горожан. В полицию даже поступали жалобы на шум их крыльев. Впрочем, достоверных свидетельств такого делопроизводства не сохранилось.

После событий 1917 года и национализации аптечного дела, заведение Пелей утратило свое прежнее название, но продолжало функционировать. В советский период оно носило разные названия - «Андреевская аптека», «97-я коммунальная», а в 1930-е годы здесь располагалась «Аптека лейтенанта Шмидта». В годы блокады Ленинграда аптека не прекращала работу, снабжая горожан лекарствами и другими необходимыми средствами.

В 2010 году в здании на 7-й линии открылся музей, посвященный богатой истории династии Пелей и развитию фармацевтического дела в России. Интерьеры торгового зала восстановлены в первозданном виде начала ХХ века, а экспозиция рассказывает об изобретениях и достижениях семьи аптекарей. Среди экспонатов - уникальные аптечные раритеты, образцы старинных лекарственных препаратов и медицинских инструментов. Музей стал одним из ярких памятников культурного наследия Санкт-Петербурга.