В дневнике Фридриха Берхгольца, камер-юнкера при дворе Петра I, содержится одно из первых описаний Менажерийного пруда в Летнем саду. Берхгольц пишет о небольшой беседке, окруженной со всех сторон водой, где «обыкновенно проводит время царь, когда желает быть один или когда хочет кого-нибудь хорошенько напоить, потому что уйти оттуда нет никакой возможности, как скоро отчалит стоящий вблизи ботик, на котором переправляются к беседке». Он также отмечает, что на воде пруда плавает «большое количество самых редких уток и гусей, которые до того ручны, что позволяют кормить себя из рук», а по берегам расставлены небольшие домики для птиц.

Архивные документы не содержат сведений о точном времени создания Менажерийного пруда, но информация о втором водоеме в Летнем саду, Карпиевом пруде, позволяет предположить, что работы по устройству Менажерийного пруда также велись в 1719 году. В письме Екатерины I к Петру I от 13 июля 1719 года упоминается «новый пруд собственных трудов ваших», который был готов к именинам Петра 29 июня того же года, но вода в нем «не держалась». Петр I дал практические советы по устранению этой проблемы: «вели плитою каменною на оной глине положить и сементом смазать».

Раскопки показали, что размеры Менажерийного пруда были определены лично Петром I. Длина пруда по ограде равнялась ширине соседнего боскета, что не могло быть случайным совпадением. Очевидно, Петр I сам начертил план пруда, используя циркуль для определения радиуса, равного половине ширины боскета.

Прапорщик Зенбулатов, ранее отвечавший за работы в Летнем саду, сдал дела 28 июня 1719 года новому руководителю, капитану Алмазову. В передаточной описи Зенбулатов указал «остаточные припасы, что есть на лицо: у нового пруда 11 600 кирпича целого». Однако этих запасов не хватило, и в августе 1719 года Алмазов докладывал о необходимости 400 кирпичей «для выстилки плотины». Также в сентябре 1719 года было выделено 300 аршин холста «на обивку галдареи в новом пруду».

Петр I лично следил за строительством пруда, давая советы и указания. Так, каменщик Дирк Фанамберс, известный в России как Тимофей Фонармус, рассказывал, что в 1720 году «оной пруд переделал, клал глину и мостил кирпичем для крепости» по указаниям царя, который «показанной оной пруд по кроям зделал ниже для того, что его величеству таким образом удобнее». Фонармус также «оной пруд весь кругом мостил галанским железными и красными каменьями по галанскаму маниру».

В 1720 году вокруг пруда была сделана решетка с домиками для птиц. По требованию садового мастера Иогана Фоншдадена было заготовлено 40 бревен «на дело клеток, которые будут в саду около пруда». В том же году в пруд были впервые запущены гуси и утки, доставленные из Астрахани. Пруд неоднократно ремонтировался. В 1723 году архитектор Земцов докладывал, что «пруд не окончен», а в 1728 году рапортовал о «укреплении дна половины кирпичом» и починке 18 «птичьих ящиков досчатых с гнездами». Описание пруда 1736 года упоминает деревянную беседку на каменном фундаменте посреди водоема, с дощатым полом, подбитым холстом потолком и фонарем на крыше.

Планы Летнего сада XVIII века показывают, что форма Менажерийного пруда менялась: от почти круглой до овальной и яйцевидной. Рисунок Яна Розена 1722 года запечатлел пруд овальной формы, а аксонометрический план 1770 года изображает его сильно увеличенным в размерах. Археологические раскопки подтвердили, что пруд имел форму правильного овала размером 32,4 x 25,52 метра, с кирпичным бортом шириной 66 сантиметров.

Менажерийный пруд продолжал существовать на протяжении всего XVIII века, неоднократно ремонтируясь и перестраиваясь. Подобные пруды-«менажереи» Петр I устраивал и в других местах, например, в Монплезире Петергофа и в Лефортове в Москве. Однако со временем многие из них были засыпаны и утратили свою первоначальную форму. Лишь Менажерийный пруд в Летнем саду Санкт-Петербурга сохранился до наших дней, став свидетелем петровской эпохи и ее архитектурных замыслов.